Tuy nhiên, có một số nhược điểm có thể có nghĩa là các kỹ thuật khác, đặc biệt là kính hiển vi quang học và kính hiển vi 3 mắt, có lợi hơn cho nhà nghiên cứu. Bao gồm:
- Không có khả năng phân tích mẫu vật sống – Vì các electron dễ bị phân tán bởi các phân tử khác trong không khí, nên các mẫu phải được phân tích trong chân không. Điều này có nghĩa là các mẫu vật sống không thể được nghiên cứu bằng kỹ thuật này. Điều này có nghĩa là các tương tác sinh học không thể được quan sát đúng cách, điều này hạn chế các ứng dụng của kính hiển vi điện tử trong nghiên cứu sinh học.
Hình ảnh đen trắng – Chỉ có thể tạo ra hình ảnh đen trắng bằng kính hiển vi điện tử. Hình ảnh phải được tô màu sai. - Các hiện vật – Những hiện vật này có thể có trong hình ảnh được tạo ra. Các hiện vật còn sót lại từ quá trình chuẩn bị mẫu và cần có kiến thức chuyên môn về các kỹ thuật chuẩn bị mẫu để tránh.
- Chi phí – Kính hiển vi điện tử là những thiết bị chuyên dụng đắt tiền. Vì hầu hết các dự án đều có ngân sách hạn chế nên việc sử dụng kính hiển vi điện tử trong nghiên cứu có thể gây bất lợi. Tuy nhiên, chi phí vận hành có thể tương tự như các giải pháp thay thế như kính hiển vi ánh sáng cộng hưởng, do đó, việc đầu tư vào một kính hiển vi điện tử cơ bản vẫn đáng cân nhắc ngay cả khi những lo ngại về ngân sách là yếu tố chính trong quyết định không sử dụng công nghệ này.
- kính hiển vi sinh học Kích thước – Mặc dù có nhiều ưu điểm về công nghệ trong nhiều năm qua, kính hiển vi điện tử vẫn là những thiết bị lớn, cồng kềnh, đòi hỏi nhiều không gian trong phòng thí nghiệm. Ngoài ra, vì kính hiển vi điện tử có độ nhạy cao, từ trường và rung động do các thiết bị phòng thí nghiệm khác gây ra có thể ảnh hưởng đến hoạt động của chúng. Cần cân nhắc điều này nếu nhà nghiên cứu muốn lắp đặt kính hiển vi điện tử trong phòng thí nghiệm của mình.
- Đào tạo – Cần có người vận hành chuyên nghiệp để vận hành kính hiển vi điện tử và họ có thể phải trải qua nhiều năm đào tạo để sử dụng đúng công nghệ này.