1. Sinh học: Sinh học là một lĩnh vực đa dạng và không chỉ giới hạn ở hình ảnh tế bào. Kính hiển vi đảo ngược là xương sống của việc nghiên cứu sinh học. Kính hiển vi đảo ngược cho phép người dùng đặt đĩa petri lên một bệ phẳng, với các thấu kính vật kính được đặt bên dưới bệ. Kính hiển vi đảo ngược được sử dụng để thụ tinh trong ống nghiệm, hình ảnh tế bào sống, sinh học phát triển và sinh học tế bào. Thiết bị này cũng được sử dụng để quan sát các vi sinh vật và các đặc điểm của chúng. Trong lĩnh vực này, thậm chí kính hiển vi phức hợp cũng được sử dụng để nghiên cứu vi khuẩn, tế bào và nhiều loại khác nữa. Thiết bị này giúp các nhà sinh học trong việc nghiên cứu các sinh vật sống và cấu trúc tế bào của chúng.
Thực vật học: kính hiển vi công nghiệp chủ yếu được sử dụng để quan sát các mẫu ở cấp độ tế bào. Các chuyên gia phòng thí nghiệm và sinh viên, những người muốn nghiên cứu các đặc điểm của lá, tế bào của chúng và nhiều đặc điểm của thực vật, sử dụng thiết bị này. Các nhà thực vật học thực hiện nhiều loại nghiên cứu về nhiều loại thực vật và nấm khác nhau cho mục đích nghiên cứu giúp họ tìm ra nhiều đặc điểm mới.
Động vật học: Nghiên cứu về côn trùng có thể tập trung vào nhiều chủ đề khác nhau như hệ sinh thái và quần thể cấu thành, sinh vật, tế bào và phản ứng hóa học. Cần có các kỹ thuật cụ thể cho từng loại nghiên cứu. Sự nhấn mạnh vào cơ sở phân tử của di truyền học, phát triển, sinh lý học, hành vi và sinh thái học đã đặt tầm quan trọng ngày càng tăng đối với các kỹ thuật liên quan đến tế bào và nhiều thành phần của chúng. Do đó, kính hiển vi là một công cụ cần thiết trong động vật học, cũng như một số phương pháp lý hóa học để phân lập và mô tả đặc điểm của các phân tử. Kính hiển vi quang học cần thiết cho nhiều ứng dụng trong động vật học: từ sàng lọc, phân loại và xử lý mẫu của bạn bằng kính hiển vi nổi và kính hiển vi thu phóng đến ghi chép và chụp ảnh.
2. Ứng dụng công nghiệp: Loại kính hiển vi sinh học 3 mắt được sử dụng để đo lường, kiểm soát chất lượng, kiểm tra và sử dụng trong hàn, công nghiệp đồng hồ và quy trình sản xuất được gọi là kính hiển vi nổi . Mỗi loại kính hiển vi kiểm tra công nghiệp khác nhau này cung cấp một giải pháp độc đáo trong quy trình kiểm tra. Kính hiển vi nổi có đèn tích hợp và đèn sợi quang bên ngoài.
3. Khoa học pháp y: Kính hiển vi nổi có thể được áp dụng để xác định bằng chứng dấu vết như mảnh vỡ, sợi, tóc, dấu vân tay còn sót lại tại hiện trường vụ án, trên nạn nhân hoặc nghi phạm. Việc sử dụng kính hiển vi trong lĩnh vực tội phạm giúp đơn giản hóa bằng chứng phức tạp và giúp nghiên cứu chúng để giải quyết các vụ án. Thiết bị này được sử dụng cho mục đích pháp y và để chứng minh người bị kết án vô tội hay không. Có một ứng dụng chính của những thiết bị này trong lĩnh vực này và nếu không có nó, sẽ không thể kiểm tra một số thứ mà mắt thường không nhìn thấy được.